ก่อนหน้านั้น ในการประชุมวางแผน พระยาทรงสุรเดช ซึ่งเป็นเสนาธิการผู้วางแผนการปฏิวัติทั้งหมด ได้เสนอให้ใช้กำลังบุกจู่โจมพระที่นั่งอัมพรสถานในยามวิกาล อันเป็นที่ประทับของพระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ 7) เพื่อทำการควบคุมพระองค์ พระยาฤทธิ์อัคเนย์เห็นด้วยกับแผนการนี้ แต่ที่ประชุมส่วนใหญ่ นำโดย พระประศาสน์พิทยายุทธ ไม่เห็นด้วย เพราะเห็นว่าค่อนข้างเสี่ยงว่าจะมีการปะทะกันด้วยความรุนแรง แผนการนี้จึงตกไป และตัวของพระยาฤทธิ์อัคเนย์เกือบจะถอนตัวไป เนื่องจากเห็นว่าคงกระทำการไม่สำเร็จ[2]

หลังจากนั้นแล้ว พระยาฤทธิอัคเนย์ ได้ถูกแต่งตั้งเป็นคณะกรรมการราษฎร ซึ่งถือได้ว่าเป็นคณะรัฐมนตรีคณะแรกของประเทศไทย โดยมี พระยามโนปกรณ์นิติธาดา เป็นนายกรัฐมนตรี

ในวันที่ 1 เมษายน พ.ศ. 2476 ได้เกิดเหตุการณ์พระยามโนปกรณ์นิติธาดาสั่งปิดรัฐสภา และงดใช้รัฐธรรมนูญบางมาตรา พระยาทรงสุรเดช 1 ใน 4 ทหารเสือที่มีบทบาทสูงสุดในการปฏิวัติ มีความขัดแย้งกับคณะราษฎรฝ่ายทหารคนอื่น ๆ จึงชักชวนให้พระยาฤทธิอัคเนย์ และพระประศาสน์พิทยายุทธ ลาออกจากตำแหน่ง ซึ่งความขัดแย้งนี้ ต่อมาได้เป็นปฐมเหตุของการรัฐประหารในวันที่ 20 มิถุนายน ปีเดียวกัน[3]

ในรัฐบาลที่มี พระยาพหลพลพยุหเสนา เป็นนายกรัฐมนตรี พระยาฤทธิอัคเนย์ ได้ดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงเกษตราธิการ ถึง 2 สมัยพร้อมกันนี้ยังได้รับแต่งตั้งเป็น ข้าหลวงใหญ่เมื่อวันที่ 1 เมษายน พ.ศ. 2477[4]

ต่อมาเมื่อ จอมพล ป.พิบูลสงคราม ขึ้นสู่ตำแหน่งนายกรัฐมนตรี ในปี พ.ศ. 2482 เกิดกรณีกบฏพระยาทรงสุรเดช ได้มีการกำจัดนักการเมืองและทหารฝ่ายที่อยู่ตรงข้าม จอมพล ป. พระยาฤทธิอัคเนย์ ได้ถูกแต่งตั้งให้เป็นกรรมการในคณะศาลพิเศษที่ถูกตั้งขึ้นมาพิจารณาในกรณีนี้ และได้ถูกแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งอธิบดีกรมราชทัณฑ์ด้วย แต่ต่อมา ก็ต้องลี้ภัยการเมืองไปพำนักอยู่ยังเมืองปีนัง ประเทศมาเลเซีย ด้วย ร้อยเอก ชลอ เอมะศิริ หลานชายของตนเองเป็นผู้ถูกจับกุมด้วย ตัวของพระยาฤทธิอัคเนย์มีรางวัลนำจับจากทางรัฐบาลเป็นจำนวนเงิน 10,000 บาท ซึ่งพระยาฤทธิอัคเนย์ก็ได้หลบภัยการเมืองจนสิ้นสุดสงครามโลกครั้งที่ 2

เมื่อ นายควง อภัยวงศ์ ขึ้นเป็นนายกรัฐมนตรีต่อจากจอมพล ป. หลังสงคราม นายควงได้ออกพระราชบัญญัตินิรโทษกรรมนักโทษการเมือง เมื่อปี พ.ศ. 2489 พระยาฤทธิอัคเนย์จึงได้เดินทางกลับสู่ประเทศไทย และยังได้รับแต่งตั้งให้เป็นสมาชิกวุฒิสภา (ส.ว.) แทนสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรประเภทที่ 2 ที่ถูกยกเลิกไปอีกด้วย ในสมัยรัฐบาลที่มี พลเรือตรี ถวัลย์ ธำรงนาวาสวัสดิ์ เป็นนายกรัฐมนตรี